​현재 사용하고 계신 브러쉬와 브러쉬설정, 색 

레이어의 설정등을 한번 더 확인해주세요

이부분도 문제가 없으시다면 , 레이어를 합치는과정에서의

문제 일수 있습니다 

보통 새캔버스를 불러왔을때 가장 먼저 깔려있는 배경 자체가

흰도화지이거나 혹은 레이어로 설정이 되어있게 되는데요

사이툴은 흰도화지가 배경으로써 제1 레이어로 깔려있는 걸 보실수있습니다

이를 전부 합하시면 레이어가 가지고있는 셀의 기능을 상실 할 수 있습니다

그렇기때문에 사이툴에서 새캔버스를 만드실때에는

가장 1차적으로 있는 레이어 사용하지마시고 위에 새로운 레이어를 깔아 

그위에 작업하시고 추가적으로 레이어 생성하셔서 합해주시는게 좋습니다

그 외의 문제점으로는 단순 프로그램 자체문제일 수 있습니다

이 사항들을 전부 확인부탁드립니다~